单细胞藻类是指整个藻体仅由单个细胞构成、能独立完成全部生命活动的低等植物（部分为原核生物）。根据藻类的分类系统，常见的单细胞藻类主要按门类划分如下：

1. 蓝藻门（Cyanophyta，原核生物）

微囊藻（Microcystis）：单细胞，常聚集成肉眼可见的群落，淡水常见，部分种类会产生毒素。

色球藻（Chroococcus）：单细胞（球形）或小群体，淡水常见。

颤藻（Oscillatoria）：单细胞，呈细丝状，无胶质鞘，淡水常见。

螺旋藻（Spirulina）：单细胞，呈螺旋状，多生长于碱性盐湖，部分可食用。

念珠藻（Nostoc）：单细胞，呈念珠状排列，部分可食用（如发菜、葛仙米）。

2. 绿藻门（Chlorophyta，真核生物）

衣藻（Chlamydomonas）：单细胞，球形或卵形，前端具2条等长鞭毛，淡水常见，能游动。

小球藻（Chlorella）：单细胞，球形，体积微小，广泛分布于淡水、咸水及土壤中，是高效的光合植物。

新月藻（Closterium）：单细胞，呈新月形，两端尖细，淡水常见。

卵囊藻（Oocystis）：单细胞，球形或卵形，广泛分布于淡水及海水中。

其他：如盘星藻（部分为单细胞）、角星鼓藻、月牙藻等。

3. 硅藻门（Bacillariophyta，真核生物）

针杆藻（Synedra）：单细胞，呈长针状，淡水及海水中常见。

角毛藻（Chaetoceros）：单细胞，具角状突起，海水中常见。

圆筛藻（Coscinodiscus）：单细胞，呈圆盘状，具孔纹，海水中常见。

小环藻（Cyclotella）：单细胞，呈圆盘状，淡水及海水中常见。

4. 裸藻门（Euglenophyta，真核生物）

裸藻（Euglena）：单细胞，无细胞壁，具1至3条鞭毛，能游动，常生长于有机质丰富的静水水体中。

5. 甲藻门（Dinophyta，真核生物）

多甲藻（Peridinium）：单细胞，具2条鞭毛，细胞壁由甲板组成，海水中常见，部分会引发赤潮。

角藻（Ceratium）：单细胞，具角状突起，海水中常见。

6. 金藻门（Chrysophyta，真核生物）

等鞭金藻（Isochrysis）：单细胞，具鞭毛，海水中常见，是海洋浮游植物的重要组成部分。

三毛金藻（Ochromonas）：单细胞，具3条鞭毛，部分种类会产生毒素。

7. 隐藻门（Cryptophyta，真核生物）

隐藻（Cryptomonas）：单细胞，具2条不等长鞭毛，淡水常见，部分具红色素，水色指示种。

8. 黄藻门（Xanthophyta，真核生物）

无隔藻（Vaucheria）：单细胞或单细胞管状，淡水常见。

注：部分藻类（如微囊藻、颤藻）虽常聚集成群体，但其基本单位仍为单细胞，因此仍属于单细胞藻类范畴。

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